オミクロン株は変異の違いにより、いくつかの亜種に分類されている。日本では「BA.1」と呼ばれる亜種が主流だが、「BA.1」より感染力が高いステルスオミクロンと呼ばれる「BA.2」の増加が懸念されている。 「ステルス」とは …
現在までに、世界各地で流行した各種の株の変異による系統図に今回南アフリカのヨハネスブルグで発見されたウィルス株B.1.1.529を重ねて表示した。分析にはNextCladeを用いた。 同心円の半径方向に、武漢株と比較した …
国際ウィルスゲノムデータベースGISAIDに公開されているウィルスゲノム配列を、国際標準とされるNextstrainの方法にしたがって、いわゆる英国株、南アフリカ株、ブラジル株それぞれについて解析を行った。 その際、 日 …
新型コロナウィルスSARS-Cov-2ゲノム配列の一般公開を開始いたしました。 これまでGISAIDという国際コンソーシアムに集積されていました。 大学研究者にとっては膨大な量の国内外の配列にアクセスできる反面、企業の研 …
Nextstrainは、病原体ゲノムデータの科学的・公衆衛生的可能性を引き出すためのオープンソースプロジェクトです。公開されているデータを継続的に更新するとともに、強力な解析・可視化ツールを提供しています。 Nextst …
国際SARS-CoV-2のゲノム配列データベースGISAIDのインドのデータをインドCSIR Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB)のScari …
われわれは2021年3月4日付で、日本に特有の株であるB.1.1.214に属する株の中でE484Kが2020年8月と2020年12月に発生していたことを報告した。 2021年4月に日本からGISIADに登録・公開されてい …
われわれは、2021年1月12日に、米国西海岸から日本に20Cに分類されるB.1.346株が関東地方に流入した可能性があることを報告した。 https://www3.nhk.or.jp/news/html/2021011 …
わが国においてスパイクタンパクに免疫逃避変異とされるE484Kを有するR.1株が初めて検出されたのは、2020年11月である。われわれはR.1株が、少なくとも関東3都県で増加していることを示した。 R.1株由来地は不明で …
スパイクタンパクの484番目の場所（アミノ酸）にEからKに変わる変異があるE484K変異は、免疫逃避変異ではないかと懸念されている （British Medical Journal https://www.bmj.com …
知見の内容 背景 2021年3月3日に国立感染症研究所が国際データベースGISAIDに公開したSARS-CoV-2ゲノム配列データと、慶應義塾大学グループが蓄積して既にGISAIDに公開している配列を比較し、以下の知見を …
発表論文の内容 2020年9月までの慶應義塾大学病院の臨床データ・ウィルスゲノムデータ・生化学実験データを統合し、 以下の結論を得た。 昨年の第2波で初夏から秋口にメインプロテアーゼ酵素（3CLPro）に変異（Pro10 …
Genomic epidemiology of SARS-Cov-2 in Greater Tokyo Area 関東圏において、新型コロナウィルス（SARS-Cov-2）がどのように変異してきたのかを2つの方法で図示し …
関東地方の13の協力病院でCOVID-19患者198人の検体を対象に全ゲノム配列解析を行った。 90％以上の株がClade 20Bの2系統（B.1.1.284およびB.1.1.214）のいずれかに属していた。 しかし、2 …