Nextstrainは、病原体ゲノムデータの科学的・公衆衛生的可能性を引き出すためのオープンソースプロジェクトです。公開されているデータを継続的に更新するとともに、強力な解析・可視化ツールを提供しています。
Nextstrainについて、国ごとの表示のページがあります。
https://nextstrain.org/sars-cov-2#datasets
残念ながらこれまで日本のデータはありませんので、今般、作成し、公開しました。
日本からGISAIDに公開されいている約3万株のうち約2300株を数学的な規則により抽出したものです。
新型コロナウィルス変異分子系統樹情報へ (NextStrain)
参考にしていただければ幸いです。
左のパネルをいろいろと変えていただければ、系統樹の書き方が変わったり、動画が作成できたりします。
ご検討ください。
以下の図は、作成したNextStrainのページから抜粋したものです。（２０２１年５月作成）
発生系統
伝搬
多様性／頻度