新型コロナウイルスゲノム解析

新型コロナウイルスゲノム解析

新型コロナウイルス感染症は、その感染力と死亡率の高さから公衆衛生上極めて重要な疾病と認識されています。医療崩壊の危機が迫る中で、新型コロナウイルスゲノム配列情報を利用した新しい診断法と感染予防体制の構築が喫緊事です。慶應義塾大学医学部臨床遺伝学センターは、国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED)の支援により、COVID-19ウィルスゲノムシーケンシングによるワクチン・薬剤耐性関連変異株・海外変異株の予防的国内監視システムの構築を推進しています。

協力医療機関より患者様の検査残余検体及び臨床情報を収集するウイルスゲノムネットワークを構築、さらにウイルス全ゲノム解析プロトコルの最適化を図り、種々の検査残余検体から抽出したウイルスRNAの全ゲノム配列を高精度で解析することに成功しました。解析により得られた新規ゲノム配列情報は、積極的に国際データベースに登録・公開し、全世界の公衆衛生研究発展に寄与します。

解析した新型コロナイルスのゲノム配列情報は感染ルートを正確に把握するための判断の一助となります。感染の伝搬の有無や経路を科学的に決定するシステムを構築・活用することで、本感染症による院内感染の拡大回避・医療体制の早期回復、及び医療従事者の負担の軽減が期待されます。また、ゲノム配列情報から得られたウイルス変異に臨床情報を突合することで、新型コロナウイルスの病原性や感染性などのメカニズムを解明し、本感染症の診断、治療、感染対策への貢献を目指します。

日本国内新型コロナウィルス変異分子系統樹情報(2021年4月作成)

Nextstrainは、病原体ゲノムデータの科学的・公衆衛生的可能性を引き出すためのオープンソースプロジェクトです。公開されているデータを継続的に更新するとともに、強力な解析・可視化ツールを提供しています。残念ながらこれまで日本のデータはありませんので、今般、作成し、公開しました。

発生系統
地理

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研究成果


研究事業: 国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED)

Variant calling pipeline for amplicon-based sequencing of the SARS-Cov-2 viral genome

Overview of the analytic pipeline “Donner” for variant calling from amplicon-based sequencing of the SARS-Cov-2 viral genome sequences.

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ご協力いただける医療機関・公的検査機関を募集しています

本研究は、現在、首都圏を中心に11の医療機関にご協力いただき推進されています。院内感染対策に資することはもちろん、本感染症の診断、治療、感染予防法を一刻も早く確立するためにも、本研究の全国規模の展開が望まれます。
本研究の趣旨をご理解いただき、ご協力いただける機関がございましたら、事務局までご連絡ください。

概要
貴機関で陽性となった患者様の検査残余検体をご提出いただき、ゲノム解析結果をお返しします。
対象機関
日本全国の医療機関・公的検査機関
期 間
2025年3月31日まで
費 用
2022年3月末までに解析結果が得られる検体については、全て本研究費で賄います。以後の解析関連費用につきましては、依頼機関でご負担願います。
事務局
慶應義塾大学医学部臨床遺伝学センター covid19_genome@cmg.med.keio.ac.jp まで電子メールでご相談ください。

ご注意

  • 個人のお問合せには対応いたしかねます。
  • 迅速な対応を心がけておりますが、返答に時間を要する場合もございます。
  • お問合せ内容によってはお答えできない場合もございます。

以上、ご了承ください。

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慶應義塾大学医学部臨床遺伝学センター